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PDF→ePubに変換するのであれば、コンバーターとして Stanza のデスクトップ版が使えます。
Download Lexcycle Stanza | Lexcycle
http://www.lexcycle.com/download
サポートするフォーマットはこちら。
Supported Formats | Lexcycle
http://www.lexcycle.com/supported-formats
コンバーターとしては calibre というソフトもあります。
calibre
http://calibre.kovidgoyal.net/
Get calibre - calibre
http://calibre.kovidgoyal.net/download
いずれも使いこなしているわけではないのですが、何度かPDFからePubへの
コンバートを試してみた限りでは、（恐らく元ファイルの作り方によって？）
スタイルが崩れてしまったりするケースもありました。
ただし、試してみたのは日本語だったので、英語であればそれよりはトラブルは
少ないかもしれません。
あと、いずれもDRMがかかっているものは不可です（当然か）。
生成したePubを加工する場合のオーサリングツールとしては、
sigil - Project Hosting on Google Code
http://code.google.com/p/sigil/
Atlantis Word Processor
http://www.atlantiswordprocessor.com/en/
など。
ePubは、XMLをzipで圧縮したもののようですので、適当なePubファイルの
拡張子を.zipに変更して解凍すれば、テキストエディタで中を見ることができ、
イメージはつかめるかと思います。
自分で全部を読んでいないものをお伝えするのも気が引けますが、仕様関係ではこの辺でしょうか。
.epub eBooks Tutorial
http://www.jedisaber.com/eBooks/tutorial.asp
Specifications
http://www.idpf.org/specs.htm
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あと、最近ではこんなのも。
MS Word2007のドキュメントをePub形式で保存するアドイン（自分の環境はOffice2000のままなので試せないのだが）。
Aspose.Words for Microsoft Word 1.0.0
http://icio.us/enosxl
